Naruto quiere ser el mejor ninja en la tierra. La acción comienza tras los dos años y medio que el protagonista, Naruto Uzumaki, ha pasado entrenando con su maestro Jiraiya. En ella reaparecen todos los personajes de la serie anterior pero con más experiencia y fuerza. Además, la Organización Akatsuki entra en acción, tras su breve aparición en la parte anterior, y se revelan sus objetivos.