Jubilee es atacada por robots llamados Centinelas en un centro comercial local. Storm y Rogue la salvan y la llevan a la Mansión X por su seguridad. Los X-Men descubren que el grupo que ejecuta el programa de registro de Mutantes tiene la intención de rastrear y eliminar a los mutantes. Más tarde, los X-Men encontrar la base Centinela e infiltrarse en la base para destruir los archivos de los mutantes. El episodio termina en un cliffhanger cuando Storm abre la puerta a una habitación donde se esconden muchos soldados armados para emboscar a los X-Men.

Wolverine huele el aceite de la pistola de los soldados y rápidamente cierra la puerta antes de que los soldados disparen. Storm arrastra a los guardias con su energía eólica. Después de destruir los archivos de los mutantes, los X-Men escapan en el Blackbird, pero son detenidos por los Centinelas. Durante la lucha con los Centinelas, Morph es asesinado y se presume muerto. Mientras Beast es golpeado contra la cerca. electrocutado y capturado, el resto se repliega al Blackbird al mando de Cíclope. Jubilee decide que lo mejor es quedarse en la Mansión X.

Después del juicio, Sabretooth exige que Beast sea liberado, lo que incita a los guardias a dispararle y herirlo. Cíclope ayuda a Sabretooth y lo lleva a la enfermería de la Mansión. Más tarde, Magneto ataca una instalación de misiles militares. A medida que llegan los X-Men, Magneto se prepara para lanzar misiles nucleares con el fin de garantizar una guerra entre mutantes y humanos. Cíclope, Storm y Wolverine se enfrentan a Magneto, pero son incapaces de detenerlo. Más tarde, Storm utiliza su viento y relámpagos para causar cortocircuitos a los misiles y desactivarlos. Habiendo prevenido una guerra nuclear, los X-Men regresan a la mansión habiendo aprendido todo el poder de Magneto.

Magneto destruye una planta química para atraer al Profesor X. Cíclope, Rogue, Storm y el Profesor X acuden y dejan a Jubilee al cuidado de Sabretooth. El Profesor X entra en la planta química para enfrentar a Magneto. Así como Magneto parece vencer al Profesor X, él telepáticamente fuerza a Magneto a recordar sus años más jóvenes. Magneto se retira en pánico. De vuelta en la Mansión X, Sabretooth gruñe de disgusto con el senador en la televisión y Jubilee se da cuenta de un problema con sus ataduras de muñeca. Jubilee lo suelta y Sabretooth la captura, pero Wolverine salta de las sombras y lo ataca. Su batalla se interrumpe con el regreso del Profesor X y los otros X-Men.

Un grupo de mutantes llamados Morlocks capturan a Jean y a Cíclope cuando salen. El líder de Morlocks, Callisto, secuestró a Cíclope para que gobernara a los Morlocks a su lado. Jean usa sus poderes telepáticos y le dice al profesor que han sido capturados. Wolverine, Gambit, Rogue y Storm van a buscarlos. Cuando los X-Men encuentran a Jean y a Cíclope, Storm desafía a Callisto por el liderazgo de los Morlocks para salvar a Cíclope y Jean. Callisto no tiene más remedio que aceptar el desafío. Después de una breve productividad, Storm derrota a Calisto y se convierte en la nueva líder de los Morlocks, pero habiendo salvado a Jean y a Cíclope, ella hace a Calisto la líder en su ausencia.

Wolverine se va a Canadá para buscar la soledad en el desierto. Encuentra la paz entre un grupo de Inuit de la isla de Baffin, solo para descubrir que Sabertooth lo ha estado acechando y ha llevado a la gente de la aldea cautiva, y planea matarlos a todos. Wolverine es capaz de derrotar a Sabertooth y rescatar a los aldeanos. De vuelta en la Mansión X, Gambit le dice a los X-Men que escuchó a la gente en Genosha dar la bienvenida a mutantes y quiere que el equipo se vaya de vacaciones allí. El profesor Xavier envía a Storm, Gambit y Jubilee a Genosha como turistas. Mientras que en Genosha, Storm, Gambit y Jubilee son atacados y capturados por un Centinela.