S3, E2: Sydney, a caccia della verità sui suoi ultimi due anni perduti, incontra Sark, in carcere sotto custodia della CIA. Ma quando una nuova organizzazione terroristica, la Convenzione, chiede il rilascio di Sark in cambio di due scienziati che ha sequestrato, Sydney deve organizzare uno scambio di prigionieri contro la sua volontà, scoprendo così un collegamento con il suo tempo perduto. Nel frattempo, Jack parla con Sloane del ruolo che potrebbe avere avuto nella scomparsa della figlia.