Brennan e il suo team sono sulle tracce di un terrorista.
Durante le indagini su quella che sembra una rapina finita in omicidio, la Beckett e Castle scoprono che la vittima era coinvolta in un misterioso complotto. Quando la posta in gioco si alza, un agente federale assume il controllo del caso.
Castle e la Beckett devono mettere da parte le divergenze con l'agente Fallon per cercare di sventare la catastrofe che potrebbe colpire l'intera città.
Melinda gioca con l’amico immaginario di un bambino che causa scompiglio a una festa di matrimonio. Melinda cerca di calmare i fantasmi che sembrano incontrollabili.
La moglie del Dottor Robbins trova il cadavere nudo di un uomo nella sua camera da letto. La squadra CSI inizia le indagini per cercare di capire chi è l'assassino e perché ha portato il cadavere a casa Robbins.