Kirk, Scotty, McCoy e Uhura entrano in un universo parallelo.
L'Enterprise viene sequestrata da un gruppo di androidi che lavorano per la vecchia nemesi di Kirk, Harry Mudd.
Kirk incontra Khan, un leader delle guerre eugenetiche terrestri.
L'Enterprise visita una colonia in cui alcune spore di fiori indigeni offrono ai coloni un pacifico appagamento.
Kirk e Spock combattono contro i Klingon per liberare Organia.