Quando Frank si presenta, senza invito e fatto, al matrimonio, rivela che Sean fa ancora uso di droghe. La notizia sgancia una bomba sul rapporto di Sean con suo figlio.
Nello sforzo di prender parte al matrimonio, Frank si offre di pagare per il ricevimento, ma Sean teme che possa ferire Fiona e lo affronta, finendo per azzuffarsi.
April porta un caso di emergenza e Jackson ed Alex si occupano di una coppia di adolescenti transessuali. Nel frattempo in ospedale entrano in vigore nuovi regolamenti che mettono a dura prova la pazienza del personale.
Il caso di omicidio del 1985 di un giovane operaio di fabbrica viene riaperto quando Rush scopre che un uomo da poco rilasciato in libertà condizionale ha ammesso di aver rubato dei soldi dal corpo della vittima.
Castle e Beckett trovano delle prove che collegano la morte di una donna al senatore Bracken, l'uomo responsabile dell'omicidio della madre di Beckett.