House torna al lavoro... a gamba tesa, facendosi carico di due casi contemporaneamente. In uno di questi azzarda una terapia basata su una mera intuizione alla quale potrebbe non essere estraneo un bagno notturno dentro una fontana...
Le amiche di Jordan arrivano in città per aiutarla dopo la morte di Ben, Turk cerca di fare una buona impressione su un chirurgo donna e il dottor Kelso è il primo studente al seminario sulle molestie sessuali.
Durante le vacanza, Lightman va in Afghanistan per aiutare nella missione di salvare due marines prigionieri, e la sua unica fonte di informazioni è un espatriato americano.
Il Gruppo indaga sull’omicidio di una giornalista amica di Lightman che ha esposto un politico corrotto, un caso che mette a dura prova la relazione di Lightman con Reynolds e l’FBI. Nel frattempo, il fatto che Emily stia frequentando alcune persone mette a disagio il padre.
Dorothy compie una scelta fatidica nel finale della seconda stagione.