Patrick Jane e la squadra del CBI indagano sull’omicidio di un gangster che era stato inserito in un programma di protezione testimoni.
Viene ritrovato un cadavere che stringe nel pugno un osso vecchio di 300 anni.Le indagini di Booth e Brennan conducono a un sito dove potrebbe essere nascosto un tesoro dei pirati.
Quando due adolescenti scompaiono e una di loro viene trovata uccisa, la squadra corre contro il tempo per trovare il killer prima che faccia del male all'altra ragazza.
Rush riapre il caso di un autostoppista trovato morto nel 1997 nei pressi di Atlantic City, New Jersey. Scoprirà un improbabile sospetto.
La caserma 51 viene sottoposta a un controllo da parte degli Affari Interni, intanto, disordini esterni e interni minacciano l'intera squadra.