Nell’ultima puntata, la Divisione Fringe viene attaccata, il Sig. Jones ritorna, Walter scompare e viene finalmente introdotto lo sfuggente William Bell (LEONARD NIMOY) di Massive Dynamics.
Gli agenti tedeschi rivolgono domande ad Olivia quando ritorna il Sig. Jones, e viene rilasciata una tossina letale che causa la chiusura degli orifizi e la morte delle vittime senza volto.
Durante l’indagine su una serie di rapine in banca che sfuggono alle leggi della fisica, Walter si rende conto che i ladri ad alta tecnologia vogliono qualcosa che gli appartiene.
Walter si reca nell’Universo alternativo per aiutare con l’indagine su un evento criminale che riguarda entrambi i mondi; David Robert Jones rivela il suo prossimo obiettivo.
Un caso di combustione spontanea costringe Walter a riesaminare il suo doloroso passato, mentre la squadra Fringe deve affrontare David Robert Jones per salvare il mondo, o i mondi.