Mentre un mistico nativo americano tenta di curare Mulder, Scully è in cerca di file segreti sulla sperimentazione aliena e diventa l'inconsapevole bersaglio di un assassino.
Mulder e Scully scovano altre prove della prevista colonizzazione aliena della Terra e si mettono in azione per preservare quello che è forse l'ultimo legame dell'umanità con la libertà.
Mulder e Scully scoprono un chiaroveggente di 12 anni la cui vita potrebbe essere in pericolo a causa della sua capacità di risolvere tutti i fenomeni inspiegabili negli X-Files.