Quando Hicks assiste all'assassinio di un amico di lunga data, la squadra accorre per trovare il colpevole e stabilire il movente. Luca cerca di capire come aiutare il fratello dopo che è stato arrestato.
Un serial killer prende di mira le famiglie del Midwest; Ellie Spicer fugge dalla famiglia che la tiene in affidamento e corre a trovare Morgan.
Il cadavere di un ragazzo viene trovato appeso a un albero come se il giovane si fosse impiccato. Booth e Brennan sono in disaccordo in quanto per l'agente dell'FBI si tratta di omicidio, mentre Brennan crede più probabile un suicidio. Le indagini portano alla luce una grottesca verità...
Attraverso dei flashback veniamo a sapere di più sul difficile rapporto tra Olivia e suo padre. Nel frattempo, sia la Casa Bianca che la Pope&Associati sono ancora impegnati a sistemare l'enorme pasticcio pubblico che hanno creato.
Olivia viene chiamata a casa del Governatore Reston, che ha sparato allo stupratore di sua moglie, ma la situazione diventa ben presto assai più complicata, e si scopre che Reston e Olivia si conoscono bene.