Quando il capo di un’organizzazione attivista anti-culto viene assassinato, Jane incontra la sua ex nemesi Bret Stiles (MALCOLM McDOWELL), il carismatico leader della setta “Visualize”.
Il Team Bravo collabora con lo Special Air Service britannico per salvare i passeggeri di un aereo dirottato che sono stati presi in ostaggio dai terroristi.
Il corpo di un Marine conduce Gibbs e McGee alla divisione OSP dell'NCIS a Los Angeles, dove un'indagine per omicidio presto diventa una questione di sicurezza nazionale che i due uffici devono lavorare insieme per risolvere. Nel frattempo, Tony comincia a ficcare il naso nella vita privata di Ziva.
Con la comparsa dell'agente del Mossad Michael Rivkin, Tony è costretto a mettere in dubbio la lealtà di Ziva nei confronti dell'NCIS. Nel frattempo, a Los Angeles, l'agente speciale Callen va sotto copertura per cercare di catturare una cellula terroristica mentre lo psicologo dell'OSP Nate Getz scopre la sconvolgente verità sulla relazione tra Gibbs e l'agente speciale Lara Macy.