Una dozzina di anni fa, una pioggia di meteore caduta dal cielo aveva seminato distruzione sull'ignara cittadina di Smallville, Kansas, lasciando, negli anni successivi, varie cicatrici e segreti, agli abitanti.
L'indagine di Mulder e Scully sull'insabbiamento da parte del governo del rapimento di UFO li porta ad incontrare un insolito romanziere.
L'equipaggio salva un gruppo di rifugiati ma scopre che sono stati sottoposti a degli esperimenti del governo e sono estremamente instabili.