In uno speciale episodio "noir" filmato parzialmente in bianco e nero, Jimmy (AARON ASHMORE) vede come sarebbe stata la vita a Smallville negli anni '40. Nel frattempo, nel presente, Clark scopre perché Lana ha sposato Lex.
La coscienza di un pericoloso criminale si impossessa di un agente dell'FBI che è anche l'ex fidanzato di Scully.
Un incendio in un magazzino della Marina porta alla luce la mancanza di alcuni documenti top secret. Il team di Gibbs si unisce al Dipartimento di Polizia di Baltimora per le indagini e Tony incontra una sua vecchia conoscenza…
Mentre indagano sulle morti in un campo profughi di Haiti, gli agenti si incontrano con un vendicativo sacerdote vudù che avrebbe la capacità di risuscitare i morti.
La principale sospettata di omicidio è una donna cieca dalla nascita, portando Mulder e Scully a concludere che potrebbe possedere la capacità di vedere attraverso gli occhi di un assassino.