Elizabeth e Philip insieme devono far fronte a una missione non andata a buon fine, ma faticano a conciliare le loro contrapposte ideologie. Stan accoglie in America un disertore sovietico di nome Zinada. Nina si ambienta alle nuove modalità di vita.
Una nuova missione di valenza internazionale spinge Philip a chiedere l'aiuto di Annelise, proprio mentre un vecchio nemico ritorna in città con propositi di vendetta. Stan fa una scoperta che potrebbe mettere l''FBI sulle tracce dei clandestini.
Philip ed Elizabeth non si trovano d'accordo sul modo di gestire gli ordini del Centro e la tensione fra di loro è latente. Quando Elizabeth perde delle informazioni chiave, Philip arruola Annelise per una missione dall'esito inaspettato.
Philip si destreggia fra le molte donne nella sua vita mentre Elizabeth mette in atto misure drastiche per portare a termine una missione. Stan insiste sul piano di salvare Nina con l'aiuto di un improbabile alleato.
Elizabeth e Paige fanno un viaggio che le porta in un territorio infido. Reduce da una missione che lo ha molto coinvolto emotivamente, Philip fa fatica a trovare conforto. Il piano di Stan per salvare Nina ha degli sbocchi imprevisti.