J.D. ha appena terminato gli studi di medicina, che hanno preparato lui e gli amici Turk ed Elliot per il primo giorno all'ospedale Sacro Cuore. La narrazione di J.D. ci accompagna nel caotico e spiritoso mondo dell'ospedale.
Le amiche trovano una lettera anonima fra le cose di Mary Alice che fa pensare che la donna nascondesse un terribile segreto.
Il dottor Cox deve ancora affrontare la minaccia di sospensione e, allo stesso tempo, a J.D. viene affidato un paziente speciale: Jordan Sullivan, un importante membro del consiglio direttivo.
È l'ultimo giorno da specializzando per J.D. È stato un anno impegnativo per i tre nuovi medici ma, ciononostante, hanno ancora tanta strada da fare.
Alcune situazioni professionali e personali mettono alla prova l'amicizia tra J.D. e Turk. Elliot affronta Kelso per una questione di discriminazione sessuale.