Quando Patrick Jane viene rapito, Lisbon e il team del CBI si rendono conto che in pratica tutti quelli con cui ha avuto a che fare sono possibili indiziati e vogliono danneggiarlo.
Mentre negozia una tesa situazione di ostaggio, Mulder si ritrova a simpatizzare con un uomo armato che afferma di essere vittima di sperimentazioni aliene.
Quando Scully viene rapita da forze invisibili, la disperata ricerca di Mulder per ritrovarla viene vanificata da un sorprendente tradimento.
Phoebe aiuta Piper a lanciare un incantesimo per aiutarla a scegliere tra Dan e Leo. Intanto, Bane evade di prigione e rapisce Prue per costringerla a usare i suoi poteri per salvarlo da potenti demoni che gli danno la caccia.