Shinichi Kudo è un geniale detective liceale, che aiuta spesso la polizia nel risolvere le indagini più intricate. Un giorno accompagna la sua amica di infanzia Ran al Luna Park, dove incontrerà due loschi individui che cambieranno la sua vita per sempre.

Shinichi è stato trasformato in un bambino dal farmaco somministratogli dai misteriosi uomini in nero. Non sapendo cosa fare, spiega la situazione e chiede aiuto al suo vicino, il professor Agasa. Nel frattempo, Ran lo sta cercando in preda alla preoccupazione.

Shinichi, assunta l'identità del piccolo Conan Edogawa, decide di stabilirsi dalla sua amica di infanzia Ran. Il suo piano è far accrescere la popolarità di detective dell'imbranato padre della ragazza, per attirare allo scoperto i suoi assalitori.

Gli amichetti di Conan, affascinati dai tesori esposti in un museo, fantasticano su come sarebbe bello trovarne uno. Raccolto per strada un biglietto con uno strano codice, lo credono una mappa di un tesoro e cercano di decifrarlo.

Ran e Conan sono su un treno con Goro, per recarsi al matrimonio del migliore amico del detective. Conan intravede a bordo gli Uomini in Nero e decide di provare i nuovi gadget del professor Agasa per spiarli.

È San Valentino e Sonoko vuole sfruttare l'occasione per accalappiare un ragazzo che aveva conosciuto qualche giorno prima. Forza quindi Ran ad accompagnarla ad un appuntamento di gruppo. Conan la segue, ingelosito!