シーズン1、エピソード1: 悪の組織ヒドラが遺伝子操作で特殊な戦士を創り出しているという情報を得るアイアンマン／トニー・スターク。その情報元は、裏切り者として囚われている兄と姉の救出をトニーに依頼すべく脱走してきたヒドラの少年戦士・マコトだった。極悪非道な計画を阻止し、少年戦士たちを救うべく、トニーはアベンジャーズのメンバーとともに敵地へと向かう。立ちはだかる強大なヒドラ軍。ヒーロー対ヴィランの激しい戦いが今、始まる！