シーズン1、エピソード1: ニンジャ・タートルズは離ればなれになって逃げ惑う。レオナルドはリーダーだが率いる兄弟がいなければ何者なのか？レオは兄弟を救うためにビショップと彼女の作ったメカゾイドたちを止めなければならない。