S1, E1: 時は2001年。イージス・ネットワークのメンバーである五十鈴綾音は、人類を征服しようと暗躍するインベーダーを倒すべく戦いの日々を送っていた。そんなある日、綾音は月夜に空を舞う少女の姿を目撃して…。