シーズン1、エピソード1: 謎の外宇宙生命体・奇居子（ガウナ）によって太陽系を破壊され、わずかに生き残った人類は巨大な恒星間宇宙船シドニアでの旅を余儀なくされた。その出航から、約1000年――。 シドニアの地下で祖父にひっそりと育てられた谷風長道（たにかぜ ながて）は、祖父の死後、食料が尽きたことで地上へ出ると、米泥棒の容疑で逮捕されてしまう。その後、ある理由で保護され、人型巨大装甲・衛人（モリト）の操縦士訓練学校に入学することになるのだが・・・・・・。学校で待ち受けていたのは、初めて交流することになる祖父以外の人間たちだった。一方、時を同じくして、シドニアの前には奇居子が100年ぶりに姿を現そうとしていた。