シーズン1、エピソード2: 1968年12月10日に、東京都府中市で発生した20世紀最大の未解決事件「三億円事件」。空前の規模で大捜査が行われたものの、犯人逮捕には至らず、時効を迎えた。 舞台は2009年の長崎、高校3年生の鳴海大和（福士蒼汰）は通学路の途中で、幼なじみの小田切未来（芳根京子）と共に、瀕死の老人・東海林明（香川照之）を発見。大和は唐突に、東海林から「お前の父親は、三億円事件の犯人だ。誰も信用するな」と告げられる。その日の夜から、突然、姿を消した大和の父親・鳴海鉄也（唐沢寿明）は、三日後に長崎から遠く離れた東京で水死体として発見される。 時は過ぎ、2016年の長崎、25歳になった大和は、フリーターとして日々を無為に過ごしていた。日々を漫然と過ごす大和は、その不満を埋めるかのように、7年前に東海林から告げられた「お前の父親は、三億円事件の犯人だ」という言葉に妄想を膨らまし、「三億円事件」について詳しく調べ始める。そんな折、大和は父親・鉄也の形見の剣道着から、血痕が付着した旧・五百円札を発見する。 数日後、未来の父親・武雄（デビット伊東）と母親・葉子（西尾まり）が失踪。夫婦の失踪と三億円事件の関連を疑う大和は、彼らが今は誰も住んでいない孤島、軍艦島に向かったことに気付く。夫婦を追って、軍艦島にたどり着いた大和と未来は、三億円事件で奪われたと思われる旧一万円札の束が詰まった袋を発見する。