シーズン1、エピソード3: 第3新東京市ねるふ学園では碇シンジ、惣流・アスカ・ラングレーらが学園生活を送っていた。ある日シンジは、恐るべきねるふ学園地下の秘密を知ってしまう。それが、シンジとエヴァンチョーに思わぬ幸運をもたらす。