シーズン1、エピソード1: ヘリコプターのパイロットとなった南光太郎を襲う新たな危機。突如現れた強大な敵、全人類の抹殺を企むクライシス帝国のクライス要塞へと連れ去られた光太郎は、変身機能を破壊され、宇宙へと放り出されてしまう。だが、太陽の光が、光太郎を仮面ライダーBLACK RXに転生させるのであった。