シーズン1、エピソード1: 大海に佇む孤島・竜宮島で、真壁一騎や皆城総士は平和な日々を過ごしてきた。そんなある日、空から「あなたはそこにいますか…」という声が響き渡る。そして突然、謎の敵フェストゥムが飛来する。フェストゥムによって無残に破壊されていく竜宮島を前に、アルヴィス司令官・皆城公蔵はファフナーの出撃を決意して…。