シーズン1、エピソード3: 沖海洋研究所を出航したスーパー99だがその矢先、日本へ向っていたアメリス国のK-6が謎の潜水艦に攻撃され、SOSを発信しているとの緊急入電が入った。救出へ向うスーパー99。しかしそこには原子力を持った敵潜が潜んでいた！