キン肉マンII世 E3: ヘラクレス･ファクトリーでの特訓は厳しく、若き正義超人たちは次々に脱落してしまう。卒業を迎えられたのは、わずか20名だけ。その中には、万太郎やキッドも含まれていた。喜ぶ新世代正義超人たちだったが、まだ卒業試験が残されている。ニュー･ジェネレーションを名乗るには、伝説超人と戦って勝たねばならないのだ!
