シーズン1、エピソード5: ソニックたちと別れ、単独行動を取っていたナックルズは街に身を潜めていた。そこへDr.エッグマンが接触してきて「自分はカオスエメラルドを集めて元の世界に戻そうと思っている。今までの悪事はわびるからソニックをやっつけてくれ」と訴えた。ナックルズはその言葉に騙された。そのとき、正体不明の宝石が発見されたとの報道。実はエッグマンの企てた罠なのだがソニックたちと、ナックルズは向かった。そこでソニックとナックルズの対決が始まった。