シーズン2、エピソード1: 四年生たちはドクタケ忍者隊を一蹴するが、何故か六年生たちは、彼らの活躍を認めない。六年生たちには考えがあってのことだが、四年生たちは面白くない。そんな四年生たちが行方不明になった。時を同じくして、先生たちの探索が始まる。最近続くドクタケ勢力の動きに、何か裏があるのではないかと考えたのだ。四年生を探す六年生が知ったのは、四年生をスカウトした人物がいるということ。そして、ドクタケ勢力の恐るべき忍術学園排除計画の存在だった。