S1, E1: 話: シャドーラインの野望を阻止し、記憶の片隅にある故郷を探す旅を続ける烈車戦隊トッキュウジャーのライトたちは、列車が沢芽市に到着する。シャドーラインの侵略がない平和な街を散策するライトたちの前に、シャドーでもユグドラシルでもインベスでもない怪人や戦闘員が現れる。ライトたちはトッキュウジャーに変身し、そこに駆けつけた紘汰も仮面ライダー鎧武に変身する。怪人・モグラロイドはクラックを開く能力を持っており、地下帝国バダンやインベスまでもが入り乱れる事態となる。トッキュウジャーと仮面ライダー鎧武は協力して沢芽市を守るために戦う。