シーズン1、エピソード1: 琵琶湖近辺で勢力を拡大させている金目教。その教祖である甲賀幻妖斉に対して不審を抱く木下藤吉郎は、腹心の竹中半兵衛に乱破を潜入させるが、幻妖斉に見破られてしまう。捕まった乱破の救出に、半兵衛は飛騨から仮面の忍者･赤影と青影を呼び寄せる。