シーズン1、エピソード1: 時は西暦2045年。第三次世界大戦後の日本。国家特別防衛課『トクボウ』に所属する、阿佐美煉、乃木杏莉、羅生聖護の三人は、『輪廻』と『禊』をクリアしたものの、仮想任務だけで未だ実際の任務を与えられておらず、特に煉はイラついていた。そんな時、あるテロ計画を阻止する任務が与えられる。テロの標的は豪華客船『フェニックス号』。この船には世界各国の首脳陣が集まり、条約締結に向けた会議が行われる予定であった。そこでテロを起こしシージャックするという、犯人の目的は…？ 煉と杏莉は司令官・椿泰親から、被害を最小限に抑え、更にテロ集団を拘束せよという指令を言い渡され、初出動する。取り残された気持ちの聖護は、自分にも何かやらせてくれと椿に懇願すると、神楽瑠唯と共に行けと思わぬ別任務を言い渡される。『フェニックス号』では、煉と杏莉が内輪揉めしている間にテロが起き、杏莉が拘束されてしまう。杏莉救出に焦る煉の前に、謎の男・蒼田三月が現れる。この男は敵か味方か……。このシージャックには椿のかつての同僚である大迫由紀夫が率いる『Dolce』と、煉たちと因縁のある『白夜会』が深く関わっていた。大迫の部下である福丸環は、別任務中の神楽と聖護の前に立ちはだかる。それぞれの運命が交錯していく中で、窮地に追い込まれて行くクロウ達。果たして彼らはテロを阻止し、日本を救うことが出来るのか…。