S1, E4: シスター・スネーク（佐々木希）が放った銃弾で死んだはずのマダム律子が、「自殺」と報道されたことを受け、その背後に大きな組織が関与していると零たちは睨んでいた。マダム律子の死体検案書を書いたのは、司法解剖を担当した赤川一彦法医学教授（鈴木一真）。その赤川教授は過去、他にも疑わしい検死をしていたことが分かり、それらを記録した「闇のファイル」が存在するとの情報も掴んだ。零はあえて赤川教授に「闇のファイルをいただく」と、予告状を送りつけターゲットが警戒しファイルを安全な場所に動かすのを誘う。そして、大雅（福士誠治）はケガ人に扮装して院内に潜入、赤川に発信機を取り付けアシスタントの圭助（相葉裕樹）と動向を監視。夏蓮（大政絢）はナースとなって教授に接近を図る。一方、三上（竹財輝之助）と香月（菊田大輔）もマダム律子が自殺した件と「５億円事件」の関連を探りに赤川を追っていた。三上たち警察が赤川へ事情聴取したことなども重なり、零たちが「闇のファイル」に近づいたとき、赤川が動く。一瞬の隙を突き、見張っていたはずの圭助を薬で眠らせ、赤川が逃走。零は赤川を追い詰めるが、持っていたファイルを目の前で燃やされてしまい…。落胆し、引き上げようとする零たち３人を、さらに黒服の男たちが襲撃する。まるで罠にはまったようにピンチに追い込まれる「怪盗ロワイヤル」の面々。「闇のファイル」に書かれていた人物たちとは？さらに零たちを襲う黒服たちと、シスター・スネークが絡む組織とは！？