シーズン1、エピソード5: 「北場は殺されたんだよ」という言葉を零（松坂桃李）、夏蓮（大政絢）、大雅（福士誠治）に残したまま、シスター・スネーク（佐々木希）の放った銃弾で記憶を消されてしまった赤川（鈴木一真）。手に入れた「闇のファイル」に書かれていた、零たちの記憶を２０１０年１０月１２日に消去したという内容と、その日に起こった５億円現金輸送車強奪事件の新聞記事に関わりはあるのか？その回答を北場（真野響子）に迫る零たちに、次なるミッション「ゴルジア家の十字架」を手に入れろとの指令だけが下される。「ゴルジア家の十字架」とは、１６世紀のイタリア・フィレンツェを実質支配したというゴルジア一族に代々伝わる十字架なのだが、盗み出され、富と権力の象徴として世界各国の黒幕たちの間で奪い合われ、時には血が流れることもあったという代物。北場はその十字架を奪い、ゴルジア家へ返すというのだ。「ゴルジア家の十字架」を所有しているのは、元天才ハッカーで現在は大企業をクライアントに抱え、数年で株価１０倍という急成長を見せる、コンピューターセキュリティ会社「ヒルダーズ」の蛭田賢斗（池内万作）。しかし、保管されている十字架は特殊形状の鍵と指紋認証が一致しないと開かない特注ケースに入れられ、周囲は赤外線、監視カメラで厳重に警備されていた。零はこのミッションに乗ったフリをして、北場の秘密を探ろうと夏蓮と大雅に一芝居打つことを提案する。一方、謎の男（田中要次）が「先生」と呼ぶ黒幕的存在を前に、三上（竹財輝之助）らの「５億円事件」の捜査を潰す裏工作を図る。同時にシスター・スネークが北場たち「怪盗ロワイヤル」の本拠地であるペントハウスへと進入。北場が死んでいたという謎の手がかりを求め、複雑なミッションに集中する零たちのさらに隙を突き、致命的な危機が忍び寄る。