シーズン1、エピソード1: 日本消滅を掲げる謎の組織･GODの手によって瀕死の重傷を負わされた大学生･神敬介は、父である海洋科学者･神啓太郎博士が命と引き換えに行った改造人間手術により、深海開発用改造人間 (カイゾーグ) として蘇る。神敬介は父の命を奪い、日本殲滅を企むGODに仮面ライダーXとして敢然と立ち向かう。
