かつて〈人斬り抜刀斎〉として恐れられ、激動の幕末を刀一本で戦い抜いた男、緋村剣心。新時代を迎え、二度と人を殺さないと誓う。斬れない〈逆刃刀(さかばとう)〉に持ち替え、日本転覆を狙った志々雄真実をはじめ数々の敵との死闘を乗り越えた今は、仲間たちと平穏な日々を送っていた——。しかしある日、東京が何者かに攻撃され、次々と大切な人々がおそわれた剣心は、次第に追い詰められていく。憔悴しきった彼の前に現れたのは、あの志々雄真実に武器や軍艦を送り込んでいた上海マフィアの頭目・雪代 縁。剣心の〈十字傷の謎〉を知る彼こそが、剣心自ら生み出してしまった最恐最悪の敵だった。剣心に強烈な恨みを持ち、剣心だけではなく〈剣心が作った新時代〉をも破壊するため〈人誅(じんちゅう)〉を仕掛けてくる!一体なぜ?何のために?すべてを悟った剣心は「自分のせいでござる」と、薫や仲間たちを集め語り始める。それは、剣心の過去に大きく関係し、決して消えることのない十字傷の謎へとつながっていく。それは、今まで明かされることがなかったの謎に迫る「るろうに剣心 最終章 The Beginning」へ続いていく。動乱の幕末期と明治維新後の新時代の2つの時代を通して描く!2つの作品を通して描かれる「るろうに剣心」史上最高のクライマックス。「るろうに剣心」のすべてがここにある――。