アイアンマンを性能的に遥かに凌ぐ新型有機テクノロジーアーマーを開発した若くも歪んだ天才技術者エゼキエル・ステイン。彼はトニー・スタークが打ち上げようとしている最新の人工衛星の発射場に対してテロ攻撃を仕掛け、巧みにスタークを事件の首謀者に仕立て上げる。アイアンマンは自らの疑惑を晴らすべく、自分を逮捕しようとする国家組織S.H.I.E.L.D.（シールド）の追撃をかわしつつ、エゼキエルとの決戦に挑む・・・。