1950年代後半のフランクフルト。ナチス戦犯の告発に執念を燃やす検事長フリッツ･バウアーのもとに逃亡中のナチス親衛隊中佐･アイヒマン潜伏に関する手紙が届く。アイヒマンの罪を法廷で裁くため、国家反逆罪に問われかねない危険も顧みず、その極秘情報をモサド (イスラエル諜報特務庁) に提供する。しかしドイツ国内に巣食うナチス残党による妨害や圧力にさらされたバウアーは、孤立無援の苦闘を強いられていくのだった…