メキシコがスペイン領だった時代。メキシコに滞在していたスペイン人ディエゴは旧友ミゲルと再会するが、メキシコ領ヌオバ・アラゴナの新総督になるはずだったミゲルはテロリストによってその命を奪われてしまう。そこでディエゴはミゲルになりすまし、ヌオバ・アラゴナの総督になる。だがそこもまたウェルタ大佐率いるスペイン軍に支配されており、ディエゴは庶民を守ろうと義賊“怪傑ゾロ”となり、スペイン軍に抵抗するが……。