末端の忍者は仕事にありつけないことも多く、「NIN」所属の下忍・雲隠九郎もその1人。ボロアパートで暇を持て余す暮らしをしていた九郎は、ある日、重大な“忍務”を言い渡される。それは戦後70年以上にわたり地下に潜り続けている謎の組織を調べることで…。