アメリカ独立記念日の7月4日。突然、地底、そして空から未知の物体が大群で地球に現れ、人類に攻撃を仕掛けてきた。世界各地が猛火に包まれ人々が大パニックに陥る中、田舎町の消防士で大統領サム・ガーネットの弟でもあるピート・ガーセットは地球外生命体研究組織S.E.T.Iのセリアと遭遇し、ディクソン空軍基地へと赴く。大統領の息子アンドリューと友人ニック、物理の天才高校生イライザも同じく基地を目指し、ピートらと合流する。一方、大統領はエアフォース1が撃墜されたものの奇跡的に生き延び、オタクハッカーのトッドとレニに出会う。しかし、そのことを知らない副大統領は代わって指揮を執り、エイリアンに向けて猛攻を開始するのだが…。