10年前、凄腕CIA工作員のレナードは、ある任務での潜入捜査の結果、敵対組織に妻を殺害され、幼い息子ハリーまでも危うく失うところだった。そして現在、ハリーは父の後を追いCIAに勤務し、アナリストとしてデスクワークに追われていた。どうしても、父と同じ現場工作員になりたいハリーは、何度も異動願いを出し続けるも、却下され続けていた。そんなある日、“コンドル”と 呼ばれる世界を揺るがす極秘のハッキング装置の移送任務中にレナードが消息を絶つ。ハリーは父の救出任務を志願するが、上司からは自宅待機を命じられる。しかしハリーは、父の救出を決意し、上司に無断で勤務地であるプラハからアメリカへ飛び、同じくCIAエージェントのヴィクトリアと手を組み、捜査を始めるのだった。彼らは、襲い来るテロリストたちを蹴散らして、レナードを救出できるのか!?そして、テロリストたちの真の目的とは…。