地球を侵略した宇蟲王ダグデドを追って旅立った、桐生ダイゴと空蝉丸。しかしダグデドとの戦いのさなかに、空蝉丸は別時空の地球に飛ばされてしまう。たどり着いたのはダグデドから宇宙を救えず、デーボス軍に侵略された地球だった。荒廃した未来を阻止するべく、再び元の時空へ向かったが時空改変の影響で、チキューでは新たな宇蟲王となったギラが君臨していた……!