ゲッターロボの早乙女研究所とグレートマジンガーの科学要塞研究所は東京上空に怪電波をキャッチした。上空に停止した円盤は、宇宙怪獣ギルギルガンの幼虫を残して上昇。その円盤に向かってゲッターマシンが出撃したが苦戦を強いられる。一方、ギルギルガンの幼虫は京浜工業地帯で鉄を食べどんどん成長する。グレートマジンガーは口から吐き出される溶解液に手が出せない。宇宙怪獣を倒すためには二大ロボットが協力して戦うしかないと考えた兜、早乙女両博士は、ギルギルガンを無人島へ誘い込む作戦を立てるのだが…。 原作：永井豪