季節外れの台風にまぎれて、妖怪皇帝が日本征服を目指してやってくる。その台風に強い妖気を感じた鬼太郎は、台風の正体が、あらゆる不可思議を現実としてしまう怪気象であることに気付く。この危機を人間たちに必死に伝える鬼太郎だが、逆に警官に逮捕されそうになるところを、水木しげる先生に助けられる。怪気象が街に押し寄せ、逃げ惑う人々。そんな中、ねすみ男はカロリーヌという少女を助けることになる。水木しげる先生の家に集まる鬼太郎、目玉おやじ、一反もめん、ネコ娘、そしてねずみ男に少女カロリーヌ。テレビをつけると画面には妖怪皇帝が現れ、東京を妖怪天国にすると表明する。そして、水木邸に妖怪たちが押し掛け、鬼太郎を出せと騒ぎ出す。この押し問答の戦いの中、カロリーヌが連れ去られてしまう。鬼太郎は妖怪皇帝の要求通り、一人で国会議事堂へカロリーヌを助けにいく。待ってましたとばかりに鬼太郎に襲いかかる妖怪たち。そして、朧車によって石膏像にされてしまう鬼太郎。その頃、怪気象に立ち向かう自衛隊は、総理の命令でミサイルを撃ち込む計画が立てられていた。危うし、鬼太郎。ミサイル発射まであと30分。下水道から議事堂に忍び込んだねずみ男は、カロリーヌを見つけ出し、鬼太郎を元に戻す方法を教えられる。果たして、ねずみ男は鬼太郎を、そしてカロリーヌを救うことができるのだろうか…。