陸・海・空の大怪獣が大決闘を繰り広げる「ゴジラ」シリーズ第7作。陸の怪獣ゴジラと空の怪獣モスラが海の凶悪怪獣エビラと対決する。南太平洋で遭難した4人の男が、漂着した島で謎の秘密基地を見つける。基地から逃げ出してきたダヨから"赤イ竹"と呼ばれる組織の悪事を知り、捕らえられた島民を救出するため、島に眠るゴジラを蘇らせる。ゴジラは基地を破壊し、海の王者エビラと対決する。