ゴジラ・ミニラ・初登場のガバラ・クモンガ・カマキラス・アンギラス・マンダ・エビラ・ゴロザウルスの人気9怪獣が怪獣島を舞台に大決戦を繰り広げる「ゴジラ」シリーズ第10作。気が弱く、引っ込み思案の少年・一郎の友達は、空想の中の怪獣・ミニラ。自分で作ったコンピューターを使って怪獣島に行けば会えるのだ。怪獣島ではゴジラ、ミニラ、ガバラ、クモンガなどの怪獣たちが激しい争いを続けていて、ミニラは凶悪怪獣ガバラにいじめられていた。ある日、一郎は三千万円を強奪した犯人の免許証を拾ってしまい、犯人に捕らわれてしまう・・・。