モンスターの戦いによって壊滅的な被害を受けた地球。人類が各地の再建を計る中、特務機関モナークは未知の土地で危険な任務に挑み、巨大怪獣の故郷の手がかりを掴もうとする。そんな中、ゴジラが姿を現し、世界を再び危機へと陥れていく。その怒りの原因は何なのか。人類は対抗措置として、コングを髑髏島から連れ出す。人類の生き残りをかけた争いは、ゴジラ対コングという最強対決を引き起こした。人類になす術はないのか。ゴジラを信じ、真意を探ろうとする者、 故郷を求めるコングと心を通す少女。怪獣を取り巻く人間たちの思惑が錯綜する。彼らは人類の味方か、脅威か。自然界最強の力の衝突、地球の存亡を委ねた壮大な戦いが始まった。果たして、この頂上決戦の勝者は──。