「暁の蜂起」のあと、地球に向かったシャアは、不思議な力を持つ少女、ララァ･スンと出会う。一方、RX-78開発計画を推進するアムロの父テム･レイは、ジオンのモビルスーツ開発の重要人物、ミノフスキー博士亡命の報を得て、月へ向かう。その月面のトワイライトゾーンで繰り広げられる人類史上初のモビルスーツの死闘。そして、時に宇宙世紀0079年―。地球から最も遠い宇宙都市サイド3はジオン公国を名乗り、地球連邦政府に独立戦争を挑んできた。人類が総人口の半分を死に至らしめた、動乱の時代が始まろうとしていた―。